Packages Installieren

Vorhandene Packages

Auf Brutus sind nur wenige Packages vorinstalliert; deutlich weniger als am SfS. Eine Liste der installierten Packages sowie Informationen zu Package-Versionen, library path etc. findet man mit der R-Funktion installed.packages().

Packages selber installieren

CRAN

Viele Packages, die wir am SfS so selbstverständlich verwenden, müssen auf Brutus selbst installiert werden. Nach dem Einloggen auf Brutus und dem Laden des R-Moduls (siehe hier) geht das wie folgt:

1. Ordner für Packages anlegen: mkdir ~/Rlib
2. Datei ~/.Renviron (hidden file) kreieren mit dem Inhalt R_LIBS="~/Rlib" (damit R weiss wo es die Packages suchen soll)
3. R starten (direkt auf dem login server)
4. Gewünschtes Package installieren: fürs Package multicore z.B. mit
   install.packages("multicore", dependencies=T, repos="http://stat.ethz.ch/CRAN")

Die ersten beiden Schritte sind natürlich nur beim ersten Mal notwendig.

Bioconductor

Beachte, dass gewisse Packages, die wir am SfS verwenden, nicht auf CRAN verfügbar sind; für solche Packages funktioniert der letzte Schritt von obiger Anleitung nicht. Ein grosses Repository für Packages der Biostatistik ist z.B. auch auf Bioconductor verfügbar. Wie man diese Packages installiert, ist auf der entsprechenden Hilfeseite nachzulesen: http://www.bioconductor.org/install/