Generelles

Konto eröffnen

Um auf Brutus arbeiten zu können, muss als erstes ein entsprechendes Konto eröffnet werden: https://www1.ethz.ch/id/services/list/comp_zentral/cluster/brutus_acc_req_pre Bei der Anmeldung sollte als "Shareholder" "Hiptmair" angegeben werden; Hiptmair fungiert als Shareholder fürs ganze D-MATH (zum Shareholder-Konzept auf Brutus siehe auch den entsprechenden Eintrag im Brutus wiki).

Einloggen

Sobald man auf Brutus ein Konto besitzt, kann man sich via SSH mit ssh username@brutus einloggen (funktionert nur aus dem ETH-Netz heraus, d.h. am SfS bzw. via eine VPN-Verbindung). Falls der Benutzername auf Brutus mit jenem am SfS übereinstimmt, kann er auch weggelassen werden: ssh brutus

Module

Abgesehen von absoluten Linux-Standardwerkzeugen wie z.B. der GNU Compiler Collection (gcc, g++) ist Software von Dritten (und dazu gehört auch R) auf Brutus in sogenannten Modulen organisiert, die vor der Verwendung erst geladen werden müssen. Das R-Modul wird wie folgt geladen: module load r

Es sind meistens mehrere R Versionen vorhanden, und manchmal wird nicht per Default die neuste Version gestartet. Um zu sehen, welche Module vorhanden sind, und welche als Default gesetzt sind, benutzt man den Befehl module avail bzw. module avail r

Für die "neueren" R-Versionen (>= 2.11) sind i.d.R. auch Varianten verfügbar, die mit gotoBLAS gelinkt wurden; diese werden wegen höherer Leistung bei LinAlg-Operationen vom Brutus-Support generell empfohlen. Um diese Versionen zu laden, muss das goto2-Modul vor dem r-Modul geladen werden: module load goto2 r